「東大寺の破れ太鼓を修理した際、その腔裏に一薬方が書かれていた。寺僧がその処方を製し、もろもろの病に試みると、数々の奇効をみ、しばしば妙応をあらわしたことから奇応丸と名づけた」(雙桂集)とか関白近衞基熙(もとひろ)の1678年8月7日の日記に、「夜中に役僧が奇応丸を進上した。その効能は妙薬と呼ぶに誠に相応しいものであった。そのため後世の人のために記す。」と記載されています(基熙公記)。
これらの書物に記されている奇応丸の処方はジャコウ、ニンジン、ユウタン、ジンコウと金箔です。現在の「樋屋奇応丸 銀粒」は銀箔でコーティングしていますが、ジャコウなど有効成分の種類は変わっていません。「樋屋奇応丸 特撰金粒」は「樋屋奇応丸 銀粒」にゴオウを追加配合したもので、金箔でコーティングしています。